Ammuskeluosuudet eivät ole kuitenkaan pelkästään aivotonta napin hakkaamista, sillä myös taktikoinnilla ja kenttien läpäisyjärjestyksellä on merkitystä.
Kovin erikoisia juonikuvioita ei tämän lisäksi ole tarjolla, sillä aiempien osien tapaan Mega Man suuntaa tuhoamaan kahdeksaa robottimestaria, joiden jälkeen vastaan asettuu itse Wily-pahis.
Pelin peruskaava ei juuri tarjoa suuria mullistuksia: tohtori Wily on jälleen onnistunut kääntämään tohtori Lightin robotit ihmisiä vastaan, ja aina pirteän kirkasotsaisen Mega Manin harteille jää näiden nujertaminen.